Kendala yang ada dalam penerapan ISO 14000 adalah sebagai berikut:
- Program sebaik apapun tidak akan berhasil secara baik apabila tidak karyawan tidak mengetahui SML yang diterapkan oleh perusahaan. Sehingga diperlukan pendidikan dan latihan bagi mereka.
- SML juga merupakan komitmen pentaatan perusahaan terhadap perundangan yang berlaku, sehingga mutlak diperlukan pengetahuan mengenai perundangundangan bagi perusahaan yang menerapkan ISO 14000.